「吾妻鏡」によると１２１８（建保６）年、北条義時の夢枕に薬師如来の眷属の十二人神将の戌神（じゅっしん）が現れ「将軍源実朝が来年
に行う鶴岡八幡宮の拝賀には従わないように」とのお告げがあったことをきっかけとして、薬師堂を現在覚園寺が位置する大倉の地に薬師堂を建てたのが覚園寺の始まりとされています。
その後、大倉薬師堂は１２９６（永仁４）年、九代執権の北条貞時を開基、智海心慧律師を開山として、文永・弘安の２度にわたった元寇がこれ以上ないよう願い「覚園寺」として整備されました。
鎌倉幕府滅亡後には後醍醐天皇が勅願所、室町幕府初代将軍足利尊氏の祈願所として保護を受けました。現存する薬師堂の堂内には尊氏が再建した痕跡を確認することができます。
なお、薬師堂に安置された本尊の薬師三尊像は国指定重要文化財に指定されています。
